С 1697 г. Меншиков неразлучен с Петром: вместе с ним совершает Азовский поход, вместе отправляется за границу, участвует в стрелецком розыске, исполняет важные поручения; его влияние начинает перевешивать даже влияние Лефорта. После нарвского сражения Меншиков вместе с царем участвовал в действиях русской армии в Ингрии, причем выказал большую храбрость и недюжинные военные таланты. После взятия, в 1702 г., Нотебурга, он был назначен комендантом этой крепости, затем губернатором завоеванных областей; в его ведение, в так называемой ижорскую канцелярию, были переданы многие общегосударственные доходы. Талантливый и энергичный, Меншиков не останавливался ни перед чем ради удовлетворения возникавших, вследствие войны, нужд; его быстрые, решительные действия вполне соответствовали кипучей энергии царя; лишенный всякого, даже элементарного образования (он едва мог подписать свое имя), он пополнял этот недостаток природной сообразительностью.
В 1705 г. Меншиков был вызван в Литву, где сосредоточивались военные действия, и здесь действовал сперва в качестве помощника фельдмаршала Огильви, начальствуя над кавалерией, а затем с 1706 г., в качестве самостоятельного главнокомандующего. В том же году он одержал победу над шведским генералом Мардефельдом при Калише. Это была первая победа русских в правильной битве, и Меншиков был щедро одарен за нее. Еще раньше, в 1702 г., он получил диплом на достоинство графа Римской империи; теперь он был возведен в сан князя Римской империи, а в 1707 г. Петр возвел его в достоинство светлейшего князя Ижорского. Получив известие об измене Мазепы, Меншиков напал на Батурин, взял его приступом и жестоко разорил, перебив почти всех жителей.
За Полтавскую битву Меншиков получил фельдмаршальское достоинство. До 1714 года он принимал участие в походах за границу, в Курляндию, Померанию и Голштинию, а затем его деятельность сосредоточилась на вопросах внутреннего устройства, касаясь, благодаря его близости к царю, едва ли не всех важнейших государственных нужд. Наиболее усердным сотрудником Петра Меншиков являлся, однако, не столько в силу сознания тех принципов, какими направлялась деятельность преобразователя, сколько в силу своекорыстных мотивов, и эти последние придали всей его фигуре особую окраску.
"Полудержавный властелин", по выражению Пушкина, "дитя сердца" Петра, как называл его последний в своих письмах к нему, был страшным взяточником и казнокрадом и, несмотря на награды, в изобилии сыпавшиеся на него, увеличивал свое состояние всякими недозволенными средствами. Не довольствуясь взятками с просителей, он грабил за границей имения польской шляхты, закрепощал себе малороссийских казаков, отнимал земли у смежных с его имениями помещиков, наконец, обкрадывал казну на всевозможных подрядах. В 1711 г. Петр впервые узнал о злоупотреблениях Меншикова, а три года спустя назначена была, по доносам Курбатова, особая следственная комиссия. С той поры и до конца царствования Петра I Меншиков почти не выходил из-под суда. Многочисленные следственные комиссии раскрывали грандиозные его злоупотребления, но их разоблачения только поколебали доверие и расположение Петра к Меншикову, не лишив последнего всецело влияния и власти. Помимо сохранявшейся еще у Петра привязанности к любимцу, помимо заступничества за него Екатерины, через него познакомившейся с Петром, здесь могли действовать и другие соображения: в лице Меншикова Петр дорожил одним из наиболее даровитых и преданных ему сотрудников. Как преданность царю, так и личные интересы Меншикова, тесно связанные с реформами, делали его врагом партии приверженцев старины. В такой роли выступил он, между прочим, и при столкновении Петра с сыном. Многие из современников, вряд ли, впрочем, основательно, считали даже Меншикова главным виновником гибели Алексея Петровича. Как бы то ни было, злоупотребления Меншикова благополучно сходили ему с рук; отделываясь при их раскрытии денежными штрафами, он успешно топил своих врагов, в числе которых бывали порой и очень сильные люди, как, например, Шафиров.
При учреждении коллегий Меншиков был назначен, в 1719 г., президентом военной коллегии. Лишь к концу царствования Петра, после того, как известная Монсова история подорвала доверие царя к Екатерине, Меншиков, вновь уличенный в злоупотреблениях, подвергся серьезной опасности, но вскоре затем последовавшая смерть Петра открыла ему дорогу к еще большей власти. Главный виновник возведения на престол Екатерины I, он сделался при этой слабой и неспособной государыне истинным правителем государства.
Верховный тайный совет, учрежденный отчасти вследствие желания других вельмож положить предел самовластию Меншикова, вскоре сделался простым орудием в его руках. Чтобы упрочить свое положение, он попытался добиться, с помощью русских штыков, избрания на вакантный тогда престол курляндского герцогства; но попытка эта не увенчалась успехом. Тогда Меншиков принял другие меры к обеспечению себя на случай смерти Екатерины. Не рассчитывая на возможность устранить от престола сына Алексея Петровича, в пользу дочерей Петра и Екатерины, он заблаговременно перешел на сторону этого кандидата; по просьбе Меншикова, Екатерина дала свое согласие на брак малолетнего Петра Алексеевича с дочерью Меншикова Марией. Найденное по смерти Екатерины завещание (впоследствии оказавшееся подложным) объявляло наследником престола 12-летнего Петра и учреждало до его совершеннолетия регентство из обеих цесаревен, герцога Голштинского и Верховного тайного совета.
Но герцог, по настоянию Меншикова, уехал в Голштинию, вместе с Анной Петровной; действительным правителем государства остался Меншиков, обручивший императора со своей дочерью, и получивший звание генералиссимуса. Самовластие Меншикова разгулялось теперь на просторе, обращаясь порой на самого императора; это его и погубило. Пытаясь примириться с старыми родами, он приблизил к Петру II Долгоруких, которые воспользовались этим, чтобы восстановить императора против Меншикова.
8 сентября 1727 г. Меншиков был арестован, и на другой день последовал указ о ссылке его в Раненбург. Вслед затем все его громадные богатства были конфискованы, а после того как в Москве найдено было подметное письмо в пользу Меншикова, он с женой, сыном и дочерьми был сослан в Березов, где и умер 12 ноября 1729 года.